本所為台灣唯一投入磁化電漿研究的研究所，擁有台灣首座磁化電漿實驗室，該設施也是本所核心實驗室。直徑為40公分、長度為1.5米、磁場最大強度為2 kG，能產生電子密度約10^9~10^11 cm^(-3)的電漿，利用Magnetron振盪器可以將電漿加熱到50 eV (約50萬度K以上)的高溫，以研究核融合能源研究與太空科學相關基礎磁化電漿物理實驗。
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