生態工程是一種既不危害生態環境，又能夠解決環境污染的工法，其原理為篩選出能夠符合目標需求的生物並加以培養，使其能夠降解甚至消除目標污染物，由於篩選出的生物本就存在於環境中，相較於其他傳統加藥去除污染物的方法而言，對環境的影響幾乎微乎其微。而生態工程實驗室致力於探討這些生態、生物對於環境污染物的降解，於實驗室中挑選出欲培養之生物，並利用精密的分析儀器進行污染物含量分析以驗證生物對於污染物的降解成效，期望將來能發現具有潛力的生物並應用於污染防治。目前實驗室培養中的生物包括藻類、蚯蚓、黑水虻以及大麥蟲等等，並已於目前實驗中證實其降解成效。