環境生物技術研究室主要是利用生物技術來解決與環境相關的問題。以傳統的生物技術配合目前最熱門的分子生物技術應用在污染防治與再生能源等國際上與台灣本土當前最重要的環境課題。
傳統的生物技術包括了:
(1)以生物反應器培養能處理特定污染物的優勢降解微生物。
(2)利用顯微鏡觀察微生物的形態。
(3)監測微生物處理特定污染物的效率與速率。
(4)配合數學模式模擬等方法來評估處理效能與最佳操作條件。
分子生物技術方面則是建立以基因序列為基礎的快速鑑定、監測優勢降解微生物的分子生物方法，並配合傳統生物技術的結果，以增進對生物反應器中微生物生態的了解並進而提升對特定污染物的處理效能。