成大鯨豚中心設立的主要目標，是負責與協助救援與處理台灣活體/死亡擱淺鯨豚，進行救援、醫療、復健、野放或死亡案件之解剖、採樣與後續分析相關研究。當有活體擱淺案件時，立刻設立鯨豚救援站的運作，進行鯨豚救援等後續工作；當有死亡案件時，我們將會依照個體的新鮮或腐敗程度，進行不同解剖程序及採樣分析，以及後續鯨豚骨骼樣本的處理及後續的保存典藏；如果有極新鮮的死亡個體，除了依照標準進行臟器採樣、採菌分析，並會將極為珍貴的樣本，做有系統的研究。近年來，在鯨豚皮膚構造及傷口癒合研究課題，由王浩文老師、臨床醫學研究所Dr. Hughes老師、皮膚科楊朝鈞主任、美國南加州大學病理系鍾正明院士組成的跨領域研究團隊，進行系統性研究。