111年-29-實作學生:醫學檢驗生物技術學系【方文廷】

參賽序號:29

海報主題

分析不同cfDNA萃取方法對致癌基因突變液態切片診斷的影響

系級

醫學檢驗生物技術學系

指導老師及參賽學生

指導老師:黃偉倫
參賽學生:方文廷

構想說明

隨著近年技術的進展,液態切片有機會及時反映體內動態的變化, 研究也發現,癌症患者血漿中cfDNA中能偵測腫瘤細胞DNA,且其與原發腫瘤組織有相同的基因突變。此證據讓FDA在2016年首次利用液態切片檢驗肺癌中上皮生長因子受體突變,作為使用標靶藥物的判準。在我們先前與UCLA的合作發現,因為不同樣態臨床檢體中cfDNA的特性(如DNA長度)不同,利用不同的檢測方法分析這些cfDNA中致癌基因突變的效率便有顯著的差異,而不同的DNA萃取方法也對所獲得的cfDNA有重要的影響。本次研究除了使用標準的cfDNA管柱萃取法,我們也設計萃取條件較嚴苛(迫使DNA更容易沉降)的管柱萃取法及磁珠萃取法,測試是否使用不同的萃取方式有機會得到不同的cfDNA產物。為了分析微量的cfDNA,我們library preparation進行放大,並以Tapestation微流體電泳分析儀分析cfDNA產物。我們發現,利用使用標準的cfDNA管柱萃取法能有效地獲得最廣為人知,大小約150 bp的mono-nucleosome 的雙股cfDNA。然而,若使用萃取條件較嚴苛的管柱萃取法及磁珠萃取法,則還會得到一群短片段(大小約50 bp),且為單股的新穎cfDNA。此外,我們也分析了肺癌病人的血漿及惡性胸水檢體,在其中也都發現了這群新穎的cfDNA,雖然惡性胸水檢體中cfDNA的保存狀況較不穩定。未來我們將進一步分析這群新穎的cfDNA在診斷應用上的潛力。

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