侯文哲老師實驗室的研究可分為兩個主軸，第一為新興化學物質如微奈米塑膠顆粒的環境影響評估，另外是創新節能奈米材料於光電催化去除環境持久性汙染物，在新興化學物質研究重點為微奈米塑膠及奈米物質的環境釋出、生物累積和毒性，應用機率物質流結合水質模式計算及導入前瞻奈米物質偵測的方法如單顆粒式電漿質譜儀(spICP-MS)來評估微奈米塑膠顆粒在塑膠產品生命週期中的環境釋出，搭配定量活性結構關係（Quantitative Structure-Activity Relationships，QSARs）省時省經費的電腦計算。